Главный принцип организации научных исследований — в их комплексности. Сейчас разработано 15 комплексных программ фундаментальных исследований, связанных с турбулентностью, микроэлектроникой, физикой лазеров и лазерной техникой, катализом, молекулярной биологией, применением математических методов в химии, созданием элементов и математического обеспечения оптических вычислительных машин, автоматизацией научных исследований, сельским хозяйством.

От решения этих проблем во многом зависит темп развития самой науки и технического прогресса в народном хозяйстве страны. Поисковые работы, прикладные исследования, лабораторные разработки и внедрение в практику институты Сибирского отделения АН СССР ведут совместно с мощной промышленностью Новосибирска, Красноярска, Иркутска, Томска и других городов Сибири, налажено долговременное сотрудничество с 7 союзными министерствами. Оперативно маневрируя ресурсами, Президиум СО АН СССР обеспечивает целевым финансированием крупные проблемы без дополнительного увеличения ассигнований из бюджета. Это — эффективная форма финансирования программ.
Успехи в области фундаментальных исследований стали базой для развертывания прикладных работ, внедрения научных результатов в практику народного хозяйства. И сейчас оценка труда научного института определяется конкретным вкладом в производство.
Мы стремимся к такой постановке дела, чтобы научные результаты находили применение не только на отдельных предприятиях, но и в целых отраслях народного хозяйства. Нам представляется, что «выход на отрасль» должен стать главным механизмом связи науки и производства. Это также очень помогает при таком процессе, как плитный фундамент своими руками.
Другая форма развития связей науки и производства. Институты Академгородка Новосибирска ведут совместную работу по комплексным темам с отраслевыми НИИ и КБ. Около Новосибирска образовался как бы научно-технический комплекс. Этот опыт будет распространяться и на другие научные центры.
В прошлую пятилетку министерствам и ведомствам передано более 700 крупных разработок, из них больше 40 получили распространение в отрасли и дают   значительный народнохозяйственный эффект. Институты Отделения связаны с предприятиями более 70 министерств. 450 работ выполнено институтами Отделения по правительственным заданиям.